Essa diferença está sendo feita para manter a compatibilidade entre o menu global da Unity e o estilo de menu do Gnome, eu acredito.
Depois de pesquisar as diferenças entre o shell do usuário root e normal, descobri que o usuário normal tem a variável de ambiente XDG_CURRENT_DESKTOP
definida como GNOME-Flashback:Unity
.
Então, se você quiser a interface do usuário do gedit como a raiz, você precisa usar este comando ou desmarcar a variável de ambiente XDG_CURRENT_DESKTOP
.
env XDG_CURRENT_DESKTOP='' gedit
Você pode até tornar esse padrão modificando o arquivo em /usr/share/applications/gedit.desktop
. Embora eu não recomende que você faça isso.