Desculpe, estou tendo problemas para entender um pouco, no entanto ... Se você estiver falando sobre dois discos rígidos físicos:
Parece-me que a unidade D está a ter prioridade.
Na sua BIOS, veja se você pode trocar de qual disco rígido você inicializa. Você deve ser capaz de fazer isso no menu de dispositivos de inicialização, será uma lista de dispositivos e você simplesmente precisa mudar os discos rígidos, ou, você verá apenas Hard Drive
listado, e você precisará trocá-los em torno de outro submenu.
Quando você faz isso, você deve ser capaz de inicializar o Windows bem e ter a segunda unidade como backup.
Parece-me que, em determinado momento, o Windows foi instalado na segunda unidade e alguns arquivos do sistema ainda estão lá; quando você o possui no sistema, sua máquina tenta inicializar a partir dele e falha.