Eu recomendo que você comece navegando pelas mensagens /var/log/system.log dos tempos do último par de botas e veja se alguma coisa aparece em você. Em seguida, reinicialize e imediatamente mantenha o Cmd-V (inicialização detalhada) no momento da inicialização e veja o que é registrado na tela imediatamente antes e imediatamente após qualquer pausa longa.
Deixe-nos saber o que você encontra.