Você pode alterar a opacidade do painel usando o Gerenciador de configurações do CompizConfig.
Para instalar o CCSM, execute
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
em um terminal.
Uma vez instalado, execute-o procurando por ccsm no Dash. Vá para o Plugin do Ubuntu Unity , clique nele e escolha Experimental . Aqui você pode alterar a opacidade do painel e do iniciador para torná-los parecidos.
Isso não é perfeito, mas aproxima você.