Não existe uma solução mágica para problemas como este (mas backups). Você deve fazer um agora antes de dar errado.
A solução mais simples possível para sair dessa confusão é provavelmente
- faça um backup
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reinstale todos os pacotes instalados com (verifique
man dpkg
eman aptitude
)aptitude reinstall $(dpkg --get-selections)
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descubra quais arquivos (config) foram modificados em sua instalação antiga com alguma ferramenta de diferenças recursivas disponível para você ( este parece fazer sentido. Copie arquivos alterados de seu backup para sua nova instalação. Os arquivos do banco de dados ainda devem estar lá após a reinstalação.
Se tudo isso soa muito complicado para você, você poderia pensar em apenas reinstalar qualquer coisa que reclama (apache2, bind9, mysql, ...), mas dessa forma muitas coisas ainda serão gravemente quebradas sem você notando .
Eu disse que você deveria fazer um backup?