Provavelmente algum aplicativo está se inicializando a partir da Internet, por exemplo, o antivírus baixando novas definições de vírus.
O antivírus também pode estar fazendo uma pequena varredura para iniciar o dia corretamente.
O Windows é sempre lento na inicialização, pois pode haver alguns produtos de software que precisam ser inicializados, bem como acessar a Internet, e eles entram uns nos outros. Se a área de trabalho for exibida, isso não significa que você já possa usar o computador livremente: ainda é necessário esperar de 1 a 2 minutos para que toda a atividade de pós-inicialização seja bastante reduzida.