Você pode usar xwininfo para obter o ID da janela e o ID de seus pais / filhos. Digite xwininfo -children na linha de comando e clique na janela em questão.
Para descobrir qual aplicativo é o pai do ID, execute xwininfo -root -children . Você também verá filhos da janela raiz (X). Procure (ou grep) pelos ID's para ver qual deles foi o pai que gerou a caixa de diálogo.