Provavelmente a atualização quebrou alguma coisa? Eu sugiro que você desinstale o VLC, reinicie e instale o VLC mais recente e tente reproduzir um MP4 novamente.
Suponho que isso tenha a ver com problemas de codecs?
EDIT: desculpe, deixe-me esclarecer. Eu posso abrir arquivos mp4 com o VLC, só não tenho vídeo. Apenas uma tela preta. MAS eu ouço o áudio muito bem.