Não, eu não acho que ter uma micro-partição apenas para o GRUB é a melhor maneira de usá-la, embora seja uma ideia interessante, devo admitir! :)
Eu prefiro sugerir que você reconfigure o GRUB para usar a instalação do GRUB no seu outro sistema Ubuntu (o 9.10). Por acaso hoje cedo eu respondeu a uma pergunta semelhante , e você pode encontrar minha resposta de algum uso para você também.
Esta é a minha opção favorita com apenas uma "pegadinha": entre 9.04 e 9.10 O GRUB foi atualizado do v.1 para o v.2. Não tenho certeza se isso pode gerar alguns problemas ou não, mas se você quiser jogar com segurança, talvez queira para atualizar sua instalação existente do 9.04 GRUB para v.2 e depois disso eliminar o 9.04 e vincular novamente o MBR à outra instalação (9.10), conforme descrito na resposta vinculada.
Outra possibilidade seria você usar o gerenciador de inicialização do Vista . Este procedimento é descrito no wiki da comunidade ubuntu . Observe que a página vinculada também contém dicas e instruções para outro tipo de recuperação de inicialização, portanto, convém visitá-la mesmo que você não esteja interessado na solução do Vista.
Por fim, a terceira opção que vem à minha mente é fazer uma instalação limpa do GRUB a partir do zero. Eu acredito que você também pode fazer isso a partir do liveCD do ubunty (com certeza você pode usar um CD de instalação alternativo, selecionando "install grub" no menu), mas você pode preferir usar uma ferramenta especificamente projetada para instalar e ajustar o GRUB: a iniciativa Super Grub Disk . Esta é realmente uma ferramenta muito poderosa que permite que você faça muito mais do que simplesmente instalar o GRUB, então você pode achar útil além do escopo deste problema específico.
Espero que esta ajuda! :)
EDITAR: quanto ao backup, acho que / home e / var são os únicos locais para salvar. O que eu normalmente faço - no entanto - é fazer um backup tar.bz2 completo da minha árvore de sistema antes de destruí-lo e mantê-lo por alguns meses ... caso eu perceba depois que perdi alguns dados importantes.