Soa como um bug. Eu sei que tive esse mesmo problema exato em um laptop da Dell com o Karmic. Você já pesquisou através dos bugs do Ubuntu? Você postou isso como um bug?
please see http://bugs.archlinux.org/task/14046 (reloading AT interface works for me, at least) and they state that this issue is fixed as of xserver-xorg-input-evdev 2.3.1 - you could test eg. lucid package for evdev http://packages.ubuntu.com/search?keywords=xserver-xorg-input-evdev
Estas instruções ajudaram-me.