Tudo depende do que o servidor suporta. Se o SSH for uma opção, você poderá usar SCP / SFTP / rsync ou qualquer número de clientes da GUI para esses protocolos. O HTTP é outra opção em potencial.
Mas se o servidor só suporta FTP, você pode tentar usar um cliente FTP diferente para se conectar.
Se você estiver usando uma conexão sem fio, tente uma conexão com fio para evitar a possibilidade de interferência. Na pior das hipóteses, use uma conexão de internet diferente para tentar evitar problemas ao longo da rota - se o seu modem a cabo não estiver recebendo, a DSL do vizinho poderá.