O Ubuntu vê algo que você conecta via VGA como um novo monitor, porque há muitas pessoas que usam um segundo monitor anexado a seus laptops quando estão trabalhando com eles.
Você pode ver onde a tela que é seu projetor está abrindo "Displays" do painel. Se você não alterou nada, provavelmente está à direita da tela do laptop, o que significa que, se você mover o ponteiro do mouse para fora do lado direito da tela do laptop, ele aparecerá no projetor. Você pode, claro, arrastar janelas para lá.
Se você quiser que o mesmo seja exibido na tela do seu laptop e no projetor, basta marcar a caixa "Espelhamento de telas".
O LibreOffice usa automaticamente a primeira exibição como a tela para anotações, a visualização do próximo slide, a hora, etc., e a segunda (que é o seu projetor) para a apresentação real. É por isso que o LibreOffice se comporta da mesma maneira no Ubuntu do que no Windows, mesmo que os monitores sejam espelhados no Windows e não estejam no Ubuntu.