A localização unix "padrão" para pacotes locais (coisas específicas de um computador, e não toda a instalação da rede) é / usr / local
Muitas distribuições do Linux optam por quebrar este padrão e apenas descarregar tudo em / usr, ou (heaven probid) / opt! (você não odeia quando algum aplicativo decide preencher sua partição raiz porque ela se despe em / opt que não existia antes? sem mencionar nomes, libreoffice ...)
Seu arquivo jar é efetivamente uma biblioteca e deve estar em algum lugar como / usr / local / lib / myapp /
Você deve ter um script pequeno em / usr / local / bin que chama seu arquivo jar usando a máquina virtual java.
#!/bin/sh
java -jar /usr/local/lib/myapp/myjar.jar $*
E é claro que você deve ter certeza de que / usr / local / bin está em seu $ PATH
Esse arranjo impede que o seu software seja mesclado com o software do sistema operacional e também o mantém em uma partição que deve ter espaço de sobra. Ele também se encaixa muito bem com sistemas não-Linux, que, como é Java, você está esperando que ele esteja rodando, sim? Isso é afinal de contas todo o ponto de Java, não é? Plataforma cruzada?