Após algumas investigações aqui nos comentários, o bug acabou por ocorrer apenas se o terminal foi iniciado a partir do modo daemon do Rofi. O Rofi bloqueia o SIGINT e esquece de desbloqueá-lo antes de iniciar o aplicativo. Os emuladores de terminal também não o desbloqueiam, exceto o VTE, da versão (agora nova) 0.44. Rofi também fixou seu comportamento.