"Hand-off" significa que o BIOS permite que o sistema operacional manipule o hardware, Portanto, o sistema operacional deve ter drivers para lidar com esse hardware. Em outras palavras, o BIOS passa o controle das portas.
O XHCI está relacionado ao controlador de porta USB3, enquanto o EHCI está relacionado ao controlador de porta USB2 mais antigo. O BIOS não inclui drivers para USB3, portanto, o USB3 não funcionará sem drivers do sistema operacional.
O manual da sua placa-mãe diz que você deve definir XHCI Hand-off como Enabled e EHCI Hand-off como Disabled, porque você tem um controlador de porta mais recente que suporta USB3. Isso requer ter instalado o driver correto para suportar USB3.
(Após mudança de pergunta:)
Meu entendimento é que você tem os dois controladores na placa-mãe, e ambos têm acesso ao barramento interno, para que ambos possam acessar todas as portas USB.
No entanto, devido a diferenças de hardware, o EHCI não consegue atingir as velocidades USB3.
Eu acredito que a razão pela qual ambos estão lá é porque alguns sistemas operacionais podem ter problemas com o XHCI. Esses sistemas operacionais precisam que o EHCI seja ativado e o XHCI desativado, e, consequentemente, eles não suportam USB3.