Quando você faz o login como su - , seu ambiente muda, agora você está root e o diretório de trabalho atual é /root
skolodya@ubuntu:$ su -
Password:
$ pwd
/root
O que você precisa fazer é mv /home/$USER/eclipse /opt . Nota : alterar
$USER para o seu nome de usuário real
Nota: Quando você executa como root, não precisa de sudo . Como usuário comum, sem fazer login no su - , você poderia fazer sudo mv ~/Documents/eclipse /opt e isso seria feito, porque o seu ambiente com sudo não mudaria