Apenas para o registro eu tenho um P5B-E que estava praticamente fazendo a mesma coisa, exceto em todas as portas USB, incluindo as frontais. Consegui melhorar por um tempo forçando o USB 1.1 (desativando o controlador host USB 2.0 no gerenciador de dispositivos). Eventualmente, até isso começou a ficar chato.
Agora eles não funcionam, nem mesmo com CDs ao vivo ou na BIOS. Eles ainda fornecem o trilho 5v embora. Minha única solução foi comprar uma placa USB PCI.
Não estou dizendo que é definitivamente hardware, mas parece muito familiar do meu ponto de vista.
Minha recomendação seria baixar um live cd do linux (o ubuntu tem um bom suporte ao driver) e ver se ele ainda acontece - o linux usa drivers completamente separados para o windows. Se isso acontecer e ainda estiver na garantia, eu definitivamente organizaria uma RMA.