Esta questão é, infelizmente, um pouco vaga demais. Digo infeliz porque reconheço seus esforços para fornecer detalhes. O uso pesado do disco rígido provavelmente está causando a lentidão. Você precisará descobrir qual software está causando isso. As chances são muito boas que é a sua RAM cheia (e assim o Windows usando o disco rígido para a memória virtual), então a causa raiz do problema pode ser um programa que causa muita RAM a ser usada. Quando a memória RAM é usada e a memória virtual é usada, e o disco rígido é muito usado, e o sistema fica lento (todas essas coisas acontecendo, nessa ordem, devido ao item anterior da lista), isso é comumente chamado de "debatendo" o disco rígido. Seus amigos para isso podem ser o Gerenciador de Tarefas (pressione Ctrl-Alt-Del) e fechar programas, ou executar o MSConfig e desmarcar coisas opcionais na guia Inicializar.
Não tenha medo de desativar o antivírus. (Você pode querer se certificar de que está desconectado da Internet, ou de qualquer rede, até tentar ligá-lo novamente.) Veja se isso faz com que o disco rígido "thrashing" pare. (Então, não se esqueça de reativar a proteção antivírus.) Se o software antivírus for a causa, você poderá tentar ajustar algumas configurações nesse software ou usar uma solução antivírus diferente.
Além disso, o que me impede de fornecer mais detalhes é que não temos uma lista específica de qual software você está usando. Esses são os detalhes necessários para que alguém possa ajudar muito mais.