Provavelmente você não tem permissões de gravação na pasta para a qual deseja fazer o checkout.
Quais permissões você tem lá? Executar
ls -la </path/to/gitfolder>
Você deve receber algo como:
$ ls -la /path/to/gitfolder
total 8
drwxrwxr-x 2 user group 4096 Sep 14 14:03 .
drwxr-xr-x 24 user group 4096 Sep 14 14:03 ..
Aqui em .
deve haver o seu nome de usuário em user
e não em root (se você executá-lo em seu próprio computador).
Se alguns arquivos pertencerem a root
, você poderá alterar a propriedade de sua pasta e arquivos atuais com este comando
chown -R <user> .