O til só é expandido quando não está marcado. Você poderia usar:
alias courses='cd ~/"OneDrive - My University Name"'
alias courses='cd ~/OneDrive\ -\ My\ University\ Name'
A variável $HOME
sempre tem o mesmo valor, mas é expandida entre aspas duplas:
alias courses='cd "$HOME/OneDrive - My University Name"'
(Em todos os três exemplos, o% externo'...'
quoting pode (e deve) permanecer, porque todo o conteúdo do alias será interpretado uma segunda vez sempre que esse alias for executado.)