Ao usar o UEFI Bios, é comum ter os arquivos de configuração EFI em uma partição diferente. Você deveria clonar isso também. Mas tenha em mente que, se você estiver clonando partições, os discos devem ter o mesmo tamanho e também é necessário clonar a tabela de partições. No seu caso, acho que é uma opção melhor para criar uma imagem do disco. Eu costumo fazê-lo com um Debian ou Ubuntu usb inicializável com gparted . Boa sorte.