Se por "ferramenta de modelagem" você quer dizer algo semelhante ao MySQL Workbench em relação à definição de tabelas e colunas com todos os tipos de propriedades MySQL, gerando scripts CREATE e ALTER a partir das definições ou definindo relações de chave estrangeira em diagramas de tabelas, adicionando automaticamente necessárias colunas e restrições, então ... não. Pelo menos para o Linux, não existe uma alternativa ao Workbench, se os recursos acima forem o que você deseja.
Se tudo o que você precisa é de uma ferramenta de desenho de diagramas, recomendo muito yEd . Ou dar dia (mencionado em outra resposta, não pode linkar para ele aqui por causa das limitações de reputação) um tiro se por algum motivo você não gosta de diagramas bonitos.