Você pode iterar pelas linhas de um arquivo em um arquivo de lote do Windows:
for /F "tokens=*" %%A in (names.txt) do [process]
Aqui, substitua [process]
por:
ffmpeg -loop 1 -y -i %%A -i intro5.wav -shortest %%~nA_movie.mp4
Em que %A
é o nome do arquivo na linha e %%~nA
é o nome sem extensão.