É tão simples quanto
ffmpeg -i in.mp4 -vf trim=X -c:a copy out.mp4
X é o timestamp do quadro que você deseja clonar no início. Todos os quadros de 0 a X são substituídos por esse quadro.
* aplica-se a formatos de saída como o MP4, em que o ffmpeg assume uma taxa de quadros constante. Para muxing de taxa de quadros variável, como Matroska, use
ffmpeg -i in.mp4 -vf trim=X,setpts='if(eq(N,0),0,PTS)' -c:a copy out.mkv