A execução de gsettings altera apenas as configurações do usuário que possui a sessão X para a qual $DISPLAY aponta. Se você usa sudo , esse é seu usuário atual. Você pode ver isso pelo arquivo $HOME/.config/dconf/user sendo modificado.
Para alterar as configurações padrão de todos os usuários, crie o arquivo /usr/share/glib-2.0/schemas/org.gnome.system.proxy.gschema.override com o conteúdo
[org.gnome.system.proxy]
mode="manual"
Em seguida, execute
sudo glib-compile-schemas /usr/share/glib-2.0/schemas/