Você não está criando um arquivo .doc ou nenhum arquivo , com mkdir . Quando você usa mkdir , você cria um diretório, pois todo mkdir "sabe" como criar diretórios.
O motivo pelo qual você pode criar um diretório .doc com mkdir é que um ponto é um caractere perfeitamente bom em qualquer posição nos nomes de arquivos e diretórios. O arquivo "extensão" é apenas um significado especial dado ao ponto em nomes de arquivo somente pelo SO para obter uma pista sobre o programa a ser usado para abrir o arquivo. Terminar um nome de diretório em .doc não tem nenhum significado especial.
Como observação, não recomendo a criação de documentos do MS Word com touch (se o seu .doc não for um documento do MS Word, desconsidere este aviso). O MS Word usa um formato proprietário que espera que até mesmo documentos "vazios" (recém-criados) contenham alguns dados. Se você tentar abrir um binário vazio .doc no MS Word, receberá um erro de "formato de arquivo incorreto".