Para realizar as mesmas ações para vários arquivos, você precisa envolver seu código em um loop, por exemplo:
#!/bin/bash
tmpfile=/tmp/anon.$$
for path; do
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
echo "$line" | sed -e s/./X/1 -e s/./X/2 -e s/./X/3
done < "$path" > "$tmpfile"
mv "$tmpfile" "$path"
done