A julgar por um problema aparentemente muito similar (sem solução) aqui (notou que é velho), meu dinheiro seria no SmartGit. Analisando este link , você provavelmente conseguirá determiná-lo definitivamente, observando o log do SmartGit arquivo:
Default Location of SmartGit's Settings Directory
Windows %APPDATA%\syntevo\SmartGit\ (%APPDATA% is the path defined in the environment variable APPDATA)
Mac OS ~/Library/Preferences/SmartGit/<major-smartgit-version>
Linux/Unix ~/.smartgit/
...
log.txt contains debug log information. It can be configured via log4j.properties. You may remove this file: afterwards, SmartGit will return to its default logging settings.