Sim, é possível "ocultar" uma partição em unidades removíveis do Windows, já que ela só olha a primeira partição nelas. Nem todos os drives externos se anunciam como tal. Se o Windows acreditar que o disco externo é um disco rígido comum, ele listará todas as partições de qualquer maneira.
Veja como eu fiz isso na minha unidade flash USB:
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Re-particione sua unidade externa (por exemplo, com o GParted):
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Reduza a primeira (e única) partição em sua unidade externa ou exclua-a e crie uma menor em seu lugar. Deixe espaço suficiente após o seu fim para o Ubuntu (1,5 GB deve ser o suficiente, se você quer apenas um sistema vivo simples que não retenha as mudanças entre as botas). Você pode colocar o que quiser nessa partição, já que é irrelevante para o sistema Ubuntu ao vivo, que você vai instalar mais tarde.
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Crie uma segunda partição para o Ubuntu. Se você não precisa acessá-lo com o Windows, pode formatá-lo com ext4 em vez de FAT32.
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Instale o UNetbootin e execute-o. Ele pedirá uma senha para privilégios de superusuário.
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Selecione a imagem de disco correta para a instalação do Ubuntu live system, defina o tipo de drive como “USB drive” e selecione a 2ª partição como a unidade (aqui:
/dev/sdg2). Observe o2no final do nome do dispositivo. Se você tiver mais partições na unidade, poderá selecioná-las também, desde que não sejam as primeiras.
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Clique no botão OK e deixe o UNetbootin fazer o seu trabalho.