Parece que a sintaxe tmux.conf foi alterada e esses comandos não geram mais um arquivo sintaticamente válido.
Para converter opções mostradas por tmux show -g para comandos válidos do tmux, você precisa adicionar set-option -g (apelido menor: set -g ) na frente de cada um.
tmux show -g | sed 's/^/set -g /' > ~/.tmux.conf
Nota: uma das linhas geradas pelo tmux show -g é prefix2 <NONE> , o que parece ser inválido mais tarde. Basta removê-lo se você precisar, muitas outras linhas devem estar bem. Minha versão tmux é 2.1-3build1 no Kubuntu 16.04.4 LTS.