Você é cobrado pelo volume do EBS fornecido, não pelo armazenamento usado.
Quando você provisiona um volume do EBS, todo esse espaço é reservado para você. Você cria um volume, seu sistema operacional o formata e tem uso exclusivo dele e, provavelmente, zera a maior parte do espaço. É exclusivamente alocado para você, então você paga por isso.
Isso é diferente do S3 e do EFS, em que você paga apenas pelo que usa. O nível gratuito da AWS oferece 30 GB gratuitos, para que você não seja cobrado. Você pode ser cobrado por instantâneos do volume.