Nas configurações do Steam, você pode especificar manualmente um local de biblioteca, ou você pode selecionar uma biblioteca diferente (ou criar um diferente) quando você instala um jogo numa base de jogo a jogo.
Eu recomendaria apenas a formatação como ext4
no instalador e apenas o Steam no SSD.
EDIT: Você também pode adicionar /bin
e /usr
ao SSD, pois isso melhorará o desempenho e a velocidade tanto na operação diária quanto na inicialização, já que a maioria dos programas são executados fora desses diretórios (principalmente / usr).