By default the program downloads to
C:\Windows\SysWOW64
on Windows.
Como uma pequena coisinha, youtuble-dl faz o download de arquivos para o diretório relativo do qual foi invocado.
No caso de um prompt Admin Powershell ou cmd, os arquivos são redirecionados de C:\Windows\System32
(a pasta padrão para um prompt Admin) para C:\Windows\SysWOW64
. Isso não é típico para prompts não-Admin Powershell ou cmd (a pasta ou o redirecionamento).
Com relação ao seu problema, posso tentar usar outro caminho (por exemplo, usar um prompt não-Admin). Não encontrei nenhum problema com C:\Windows\SysWOW64
, mas talvez o FFMpeg esteja sufocando nele por algum motivo no seu caso.