Eu não sou usuário de todo o dia do Linux. Mas você pode ser capaz de contornar isso consertando o arquivo grub.cfg, ou live booting em um Ubuntu a partir do USB e tentando update-grub ou grub-install no Terminal.
Se você não der uma maneira de contornar isso, eu recomendo dar uma olhada no utilitário EasyBCD.
Se você tiver outro computador com o Windows instalado, você pode criar um arquivo .iso do WinPE com o EasyBCD pré-instalado nele. capaz de alterar o registro de dados BCD via WinPE USB, é claro que você pode gravar o .iso para USB usando a opção PowerISO (Criar USB inicializável).
Também para destacar, o EasyBCD tem a opção de instalar o grub, mas também para partições específicas do Ubuntu!
Boa sorte e espero ter sido útil.