Você pode alterar a pasta de trabalho antes de iniciar ou iniciar com um caminho absoluto:
cd /home/$USER/.wine/drive_c/Temprture/; wine "/home/$USER/.wine/drive_c/Temprture/z9fm8 G5889.INP"
ou
wine "C:\Temprture\z9fm8 C:\Temprture\G5889.INP"
ou
wine start 'C:\Temprture\z9fm8 G5889.INP'