pdftk tem várias licenças disponíveis, mas mais proeminente para a interface CLI: GPL-2 +
pdftk file1.pdf file2.pdf cat output merged.pdf
deve manter o ToC coerente. Um teste rápido com um PDF gerado a partir do LibreOffice com um índice no final, mesclado a si mesmo, manteve os links do segundo ToC coerentes. Testado no Debian com a versão empacotada.