Com o openshot é uma questão de minutos --- você pode instalá-lo a partir dos repositórios padrão com sudo apt-get install openshot
ou usando o centro de software.
Então
- abra o aplicativo
- carregar o vídeo
- mova-o em uma faixa
- corte o vídeo em subclipes nos quais você deseja silenciá-lo (setas verdes abaixo)
- clique no áudio do clipe que você deseja silenciar.
- escreva o novo vídeo no formato desejado.
Você tem um tutorial muito bom aqui: link