Paul, os roteadores microtik executando 6.39.3 e superiores não são afetados pela falha de segurança do KrackAttack (a menos que seja executado nos modos WDS WiFi / nstream). link
Os problemas que você está enfrentando com esta versão estão sendo compartilhados por outros usuários. Faça sua voz ser ouvida, eles estão pedindo para alguém com bugs ou problemas com esta versão para denunciá-los ao microtik. Você está perfeitamente seguro para retroceder para a v6.39, já que não é vulnerável ao ataque. link
Não sei como essa versão passou do controle de qualidade. Mas denuncie o seu problema com precisão.
Espero que isso ajude.