Pode ser que, como resultado da inicialização de um pendrive, o seu sistema esteja trabalhando com drivers gráficos genéricos que não suportam totalmente o seu dispositivo gráfico.
Como resultado, o software do player de vídeo não pode usar sobreposições de vídeo de hardware e decodificação de vídeo de hardware e também não pode indicar para o dispositivo gráfico que precisa ativar o HDCP.
A maioria dos sabores do Ubuntu permitirá que você habilite drivers proprietários através do Centro de Software e você pode até mesmo fazer isso em um pen drive USB, mas não tenho certeza.
Parece que isso funcionou no passado, então é bem provável que isso seja apenas um problema com drivers genéricos.