Primeiro, o OneNote não é um editor de código nem um IDE, portanto, ele não possui realce de código interno nem conclusão de código, portanto, se você alterar o código copiado, ele não alterará automaticamente sua cor como o IDE ou o editor de código.
Falando em recuo, isso não é um conteúdo de metadados especial, mas apenas um conteúdo de dados de texto normal, portanto, ele deve ser copiado. Tenha em mente que na maioria dos IDEs e editores de código você pode selecionar se uma guia irá inserir espaços (provavelmente 2 ou 4) ou uma aba, enquanto no OneNote uma aba sempre será uma aba.
Acabei de fazer um teste rápido copiando alguns códigos do VS Code para o OneNote e o recuo não se perdeu. Além disso, as cores de destaque ainda estavam lá.
Então, eu acho que o seu código VS ou suas configurações do OneNote podem ser configuradas de uma maneira especial que faz com que ele não faça o que você gosta.