A atualização do yum não causará uma reinicialização, seja qual for o pacote que você atualize / instale. No entanto, para responder a sua pergunta, sim, você pode excluir pacotes da instalação do yum:
- permanentemente em /etc/yum.conf (veja man yum.conf)
- na linha de comando com a opção --exclude = package (consulte man yum)