Aqui está um método simples que funcionará para entradas de 1280x720.
Gerar paleta:
ffmpeg -i input.mp4 -filter_complex "fps=10,scale=-1:640,crop=ih:ih,setsar=1,palettegen" palette.png
Criar GIF:
ffmpeg -i input.mp4 -i palette.png -filter_complex "[0]fps=10,scale=-1:640,crop=ih:ih,setsar=1[x];[x][1:v]paletteuse" output.gif
Você pode tornar isso mais complexo, se desejado, adicionando a adição da opção force_aspect_ratio
scale para ajustar os tamanhos de entrada arbitrários em 640x640 , e por adicionando split e fifo para evitar tornar o arquivo de paleta temporário.