Se você acabou de instalar o JRE, ele vai em /Library/Internet\ Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/
Se você instalar o JDK, ele vai em /Library/Java/JavaVirtualMachines/
O JRE não é muito útil para o uso geral de Java, pois está disponível apenas em navegadores. Você precisa do JDK para executar programas Java normais ou coisas como o Eclipse.