Se você já adicionar o meta-python, edite o local.conf e adicione:
IMAGE_INSTALL += "python-dev"
isto adicionará o cabeçalho python em /usr/include/python2.7/ , então se você precisar do python3-dev então
IMAGE_INSTALL += "python3-dev"
fará o trabalho.
Espero que isso possa ajudá-lo, que funcionou para mim.