Como a barra de tarefas mostra uma prévia da janela, provavelmente existe em algum lugar. Enquanto você tem a janela ativa, pressione Alt + Espaço para abrir o menu de sistema da janela. Selecione "Mover", pressione qualquer tecla do cursor uma vez. A janela seguirá o cursor do mouse. Pressione o botão do mouse para soltá-lo.
/ edit: Como mencionado no comentário, o menu do sistema também permite o acesso às configurações da janela do console (como tamanho do buffer, cores, etc.), incluindo a capacidade de definir a posição da janela.