Simples ...
No final de linha do Windows, na verdade, ele é tratado com dois caracteres: ˆM (retorno de carro) e ˆJ (alimentação de linha).
Sistemas semelhantes a Unix, como o Linux, usam apenas ˆJ.
Você salva o arquivo no Windows e o Linux mostra o ˆM como um caractere normal.
Eu nunca usei o Sublime, mas provavelmente tem uma opção para converter entre os dois formatos, para que você possa salvar o arquivo no formato Unix do Sublime.
(Na verdade: a maioria dos editores de texto / programadores tem essas opções.)