Aparentemente, o HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts\.pl
substitui as informações de assoc
e ftype
armazenadas em HKEY_CLASSES_ROOT
. A exclusão da chave .pl resolveu o problema.
Não está claro se há uma maneira de resolver esse problema além de editar diretamente o registro no Windows 2012 R2 (versões anteriores do Windows tinham editores de associação de tipo de arquivo na GUI, mas o Windows 2012 R2 não parece ter isso).