Teoricamente, deve ser seguro reformatar a partição NTFS com gparted ou outro utilitário (provavelmente executado em outra unidade, como uma unidade ISO USB do Linux *), embora pode ser necessário marcar primeiro a partição como sem formatação , espaço vazio e então reformatar como HFS +.
Dito isto, eu recomendaria que uma imagem de disco completa fosse feita primeiro (e marcada!), para que você possa reverter se o impensável acontecer. [<> A lei de Murphy afirma que os dados estão danificados somente quando não há backup, então você deve estar OK. ]
* Como afirma o @AFH, é possível formatar uma partição inativa, mas se você quiser consolidar o espaço ou realocá-lo entre outras partições, a execução de outra unidade torna isso viável.