A ideia com o Power Query é que a conexão e a consulta são criadas no Power Query e, em seguida, atualizadas sob demanda. O VBA não entra em ação ao criar a consulta. Isso frustraria o propósito da Power Query.
O que você pode fazer com o VBA é automatizar a atualização da consulta, mas há algumas configurações internas que podem ser feitas sem o VBA.
Edit: Parece que o requisito para o VBA vem da necessidade de manter os caminhos de arquivo para a dinâmica do Power Query. Você pode parametrizar os caminhos de arquivos no Power Query. Isso nem requer o VBA. Use uma tabela de parâmetros, use a função de planilha do Excel Cell () para obter o caminho do arquivo atual e use uma função em M para ler isso como o parâmetro da string de origem. Google fnGetParameter para ver como. Então, nenhum dos seus caminhos de arquivo precisa estar conectado à consulta.