Isso acontece porque o gerenciamento de energia desliga os dispositivos USB para economizar energia após um determinado período de inatividade. Embora existam soluções para resolver isso manualmente, eu recomendo instalar um software chamado tlp.
sudo apt-get install tlp
Este software oferece opções para controlar o gerenciamento de energia de forma segura, sem ter que definir as coisas manualmente em arquivos relevantes, como o que você descobriu ser uma solução. Funciona igualmente bem em laptops e desktops.
Mais informações sobre o tlp podem ser encontradas em vários sites como, por exemplo, este: http://linuxg.net/how-to-install-tlp-0-6-on-ubuntu-14-10-ubuntu-14-04-ubuntu-12-04-and-derivative-systems/